Les Grands Murins, photo William Cheyrezy
Les moutons boulonnais
La citadelle est englobée dans le site inscrit « Montreuil-sur-Mer et val de Canche » par arrêté du 20 janvier 1971. Elle est également déclarée Site d'Intérêt Communautaire NATURA 2000 Directive Habitats.
La valorisation environnementale fait l’objet d’une vaste étude sur le site de la citadelle. Elle consiste à préserver la biodiversité en agissant en faveur des chauves-souris, espèces protégées et menacées, de développer la connaissance et la préservation des sites et des paysages afin de mieux les prendre en compte dans les aménagements.
Cet environnement « vert » est une spécificité de la citadelle de Montreuil-sur-Mer.
 
Cette valorisation prend plusieurs formes :
-la protection des chauves-souris
Les remparts de Montreuil représentent un lieu idéal d'hibernation pour de nombreuses espèces de chauves-souris rares et menacées. Parmi elles, certaines sont particulièrement suivies : la Barbastelle que l’on retrouve de chaque côté de la Manche, le Murin et le Grand Rhinolophe.
La citadelle est aussi et surtout l’unique lieu de reproduction des Grands Rhinolophes dans le nord de la France.
Un certain nombre d’outils vont être mis en place pour protéger et valoriser ces espèces : système de vidéosurveillance infrarouge, mise en avant de la nuit européenne des chauves-souris, activités à destination des publics, visite par tablette tactile…
Cet aspect bénéficie d’un partenariat suivi avec le Conservatoire des espaces naturels et la coordination mammalogique du Nord-Pas-de-Calais.
-le développement durable
Le monument est indissociable de son environnement. Cette approche symbiotique conduit à penser l’aménagement du site dans le respect des prescriptions en matière d’écologie. Un plan de gestion durable est en cours, il aborde plusieurs aspects :
-Mise en place d’une dizaine de moutons de race boulonnaise sur les bastions ouest pour une tonte naturelle d’un hectare de pelouse.
-Gestion différenciée avec fauche tardive.
-Suivi et gestion de la flore.
-Mise en place d’un « plan de gestion écologique » grâce à un partenariat avec la DREAL.
-Mise en place de jachères fleuries le long des murs.